国家微生物科学数据中心

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国家微生物科学数据中心

所在地：

中国

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收录时间：

2025-02-08

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科研数据

国家微生物科学数据中心

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国家微生物科学数据中心（National Microbiology Data Center，NMDC）于2019年6月经科技部、财政部通知公布，由中国科学院微生物研究所作为依托单位，联合中国科学院海洋研究所、中国疾病预防控制中心传染病预防控制所、中国科学院植物生理生态研究所，中国科学院计算机网络信息中心等单位共同建设，科技部国家科技基础条件平台中心和中国科学院办公厅为上级主管部门。中心数据资源总量超过2PB，数据记录数超过40亿条,数据内容完整覆盖微生物资源、微生物及交叉技术方法、研究过程及工程、微生物组学、微生物技术以及微生物文献、专利、专家、成果等微生物研究的全生命周期。中心重点推进微生物领域科技资源向国家平台汇聚与整合，加强微生物资源开发应用与分析挖掘，提升微生物资源有效利用和科技创新支撑能力，为科学研究、技术进步和社会发展提供高质量的科技资源共享服务。

重点数据库

GCM

全球微生物保藏菌种目录(GCM)是一个为全球保藏菌株提供知识挖掘和信息共享的数据库，目前已经有来自全球50多个国家的150多个保藏中心提交了50多万的菌株信息。同时，GCM内置了物种科学名检查、菌株保藏历史梳理、文献/专利挖掘等多项服务。
CCINFO

CCINFO是WFCC和区域保藏中心联盟支持的保藏中心登记系统和元数据档案，已经有80个国家和地区的864个保藏中心的元数据信息。WFCC-MIRCEN WDCM为每个集合分配一个唯一的标识号，并控制保藏中心首字母缩略词保持唯一。作为元数据档案，CCINFO存储了有关保藏中心的详细信息，包括隶属关系、资金、认证、人员、保藏服务（如鉴定服务、IDA）以及采用的保存和质量控制技术。
Refs

参考菌株数据库是一个收集和管理参与ISO等标准制定的标准菌株信息的数据集合。本目录的编制是为了更广泛、更容易地获取ISO TC 34 SC 9联合工作组5和国际食品微生物学和卫生委员会（ICFMH-WPCM）培养基工作组在其出版物《食品和水微生物学培养基手册》中列出的参考菌株。它满足了这些机构对推荐用于质量保证的菌株的独特标识符系统的需求。
ABC

微生物资源引用知识库(ABC)是一个面向微生物资源、菌株在科学文献、专利、基因组和核酸序列等科学数据信息方面的挖掘整理和知识图谱构建的数据库。
gcType

全球模式菌株基因组数据库（gcType）是一个用于微生物系统发育和功能研究的高质量模式菌株基因组数据库。该平台整合了来自其他数据库的公开信息与GCM 10K原核模式菌株测序项目的测序成果，并遵循严格的质量控制标准，随后通过强大的标准数据处理管道生成一个高质量的参考数据库，为基因组分析和基于基因组的物种鉴定提供基于网页的数据分析管道。此外，它将分类、表型和生理信息与模式菌株关联，使用户能够进行全面的基因组和功能分析。
gcMeta

全球宏基因组目录（gcMeta）是一个支撑微生物组数据的归档、标准化、分析、检索及可视化展示的综合性数据共享平台。该平台目前收录了超6万个宏基因组测序样本和超50万的宏基因组组装基因组（MAGs），并实现了对样本的梳理归类和对MAG的详细注释、比较筛选与综合分析。
VarEPS-Influ

流感病毒变异风险评估系统（VarEPS Influx）采用“多维突变评估”策略，利用各种工具评估物理和化学性质、一级、二级和三级结构、受体亲和力、抗体结合能力、抗原表位以及变异影响的其他方面。此外，我们考虑了时空分布、宿主物种分布、谱系分析和突变频率，以提供突变和病毒的全面风险评估
VarEPS-SCoV2

从基因组学和结构生物学的角度，该数据库全面分析了已知变异和虚拟变异对ACE2和中和抗体