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中国科学院南海海洋研究所重点研究热带边缘海海洋水圈－地圈－生物圈圈层结构及其相互作用特征与演变规律，探讨其对资源形成和环境变化的控制和影响，发展具有南海特色的热带海洋资源与环境过程理论体系和应用技术。以生态安全与绿色发展、海-陆-气相互作用与环境安全、边缘海与大洋板块相互作用和岛礁工程环境保障为战略主题，聚焦生态文明和国防安全建设工程，着力突破海洋领域前沿科学问题和关键核心技术。重点学科领域：热带海洋环境动力与生态过程、边缘海地质演化与油气资源、热带海洋生物资源可持续利用与生态保护和海洋环境观测体系及其关键技术。

中国科学院武汉植物园（以下简称“武汉植物园”）筹建于1956年，1958年正式成立，是集科学研究、物种保育和科普开放为一体的综合性科研机构，是我国三大核心科学植物园之一，包含光谷、磨山、中-非联合研究中心-肯尼亚园区，江夏、新洲两个基地及多个野外观测台站。

中国科学院水生生物研究所（以下简称水生所）是从事内陆水体生命过程、生态环境保护与生物资源利用研究的综合性学术研究机构，其前身是1930年1月在南京成立的国立中央研究院自然历史博物馆，1934年7月改名为中央研究院动植物研究所，1944年5月又分建成动物研究所和植物研究所。

中国科学院武汉病毒研究所成立于1956年，是专业从事病毒学基础研究及相关技术创新的综合性研究机构。研究所的目标定位是针对国家生物安全的战略需求和人口健康、农业可持续发展，依托中国科学院高等级生物安全实验室团簇平台，重点开展病毒学、新兴生物技术及生物安全等方面的基础和应用基础研究。

中国科学院武汉岩土力学研究所（以下简称武汉岩土所）创建于1958年，是专门从事岩土力学基础与应用研究、以工程应用背景为特征的综合性研究机构。

中国科学院合肥物质科学研究院是中国科学院所属最大的综合性科研机构之一。

中国科学院苏州生物医学工程技术研究所（以下简称“苏州医工所”）是中国科学院唯一以生物医学仪器、试剂和生物材料为主要研发方向的国立研究机构，由中国科学院、江苏省和苏州市人民政府三方共同出资建设。

中国科学院苏州纳米所通过前沿学科交叉，把纳米科技与信息科学，生命科学和物理以及化学等学科结合起来，实现微电子技术到纳米电子技术的无缝过渡；开发智能型微观医疗诊断技术和微观治疗技术。研究内容：研究新型的电子，离子和带电分子在固体，液体和大分子中的运动方式，来设计新的固体纳米器件，合成新型分子器件和分子互联线，在此基础上通过模仿人类和其他动物对外界信息的接收处理方式来设计构造新型计算机；利用纳米材料生长技术和纳米器件制造技术，利用相位控制工程，研究和开发纳米尺度二维和三维无源或有源的声场，毫米波，红外光波，紫外和X射线的相控发射，接收和成像系统。利用这种系统，结合动物昆虫的复眼等仿生技术，对运动目标进行全息成像，关联存储，模式识别，形成对多个运动目标的闭环监控，这将成为微观医疗设备领域，航空航天，汽车防撞系统和人工智能机器人等领域的关键技术。利用高精度纳米材料生长和工艺技术手段，来改进传统微电子产品的制造工艺，提高集成电路产品性能，特别是提高微电子产品的可靠性。

中国科学院紫金山天文台（以下简称“紫台”）前身是1928年2月成立的国立中央研究院天文研究所，1950年5月20日更名为中国科学院紫金山天文台。紫台是我国自己建立的第一个现代天文学研究机构，被誉为“中国现代天文学的摇篮”。

中国科学院南京地理与湖泊研究所，前身系1940年8月在重庆北碚成立的中国地理研究所，目前是全国唯一以湖泊-流域系统为主要研究对象的国立综合研究机构，主导着中国湖泊科学的发展方向，并在国际上具有重要影响。

中国科学院南京土壤研究所（简称南京土壤研究所）成立于1953年，其前身为1930年创立的中央地质调查所土壤研究室。

中国科学院南京地质古生物研究所成立于1951年，其前身为前中央研究院地质研究所及前中央地质调查所等机构的古生物室(组)，目前是我国唯一的从事古生物学(古无脊椎动物学与古植物学)和地层学研究的专业机构。